这部作品问世不久，就遭到了兵火的摧残，致使原书十六卷残缺不全。公元256年～316年，西晋太医王叔和搜集了一些残存之书，进行整理并撰次成篇，但只整理了十卷，对十六卷的原貌已不复见。所以晋以后的《隋书经籍志》和《唐书艺文志》只载《伤寒论》十卷，而不再称十六卷。现在通行的《伤寒论》和《金匮要略》，据说原是同一部书。这十六卷书，由于汉末晋初政局动乱而散佚。晋太医令王叔和搜集残本，加以整理撰订，虽然不完全是仲景原文，但尚能保留仲景面目。然叔和之后又几经兵燹，特别是“永嘉之乱”（按：石勒攻陷洛阳，晋怀帝被虏），文物丧失惨重，王氏整理的《伤寒论》又遭到散失的厄运。
    唐初，孙思邈著《千金要方》时，还没有引载《伤寒论》（按《千金要方》卷九、十所载的伤寒，不是从仲景文中引出来的）。他说：“江南诸师秘仲景要方不传。”可知《伤寒论》在隋唐时候就不易见了。后来经他苦心搜集，才收载于晚年所著的《千金翼方》中，这是孙氏对《伤寒论》的流传所立下的功绩。?
    唐天宝年间，王焘撰《外台秘要》，曾引用《伤寒论》方，注出卷至十八，并且还包含有《金匮》方在内，可知王焘所见到的又是另一种本子。到了宋朝的治平年间（公元1065年），政府指令高保衡、林亿等人校正医书，把开宝年间节度使高继冲进上的《伤寒论》十卷，总二十二篇，加以校正，同时梓板而颁行于世。在这个时间，翰林学士王洙在馆阁日，从蠹简中捡得《金匮玉函要略方论》三卷，也加以校正而刊行于世。?
    此外，尚刊行有《金匮玉函经》八卷（《伤寒论》别本异名）。这是仲景遗书自汉建安十年至宋治平二年，上下八百六十年中分合隐现的概况。?
    现在通行的《伤寒论》有两种版本：一是宋版本，一是成注本。宋版国内早就没有原刻本了，只有明代万历时虞山赵开美复刻出来的，算是佳本（简称“赵刻本” ）。“成注本”是金代成无己注解的，经明代汪济川校刊，因经过几次翻印，错字很多。此外又有医统本，也是成无己注解的，经明朝徐镕校刊，内容和“汪刊本”基本相同。?
 

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